自蘇聯解體以來，中亞五國（哈薩克斯坦、塔吉克斯坦、吉爾吉斯斯坦、烏茲別克斯坦和土庫曼斯坦）的恐怖主義一度掀起過浪潮。 1999年2月，極端勢力組織了對烏茲別克斯坦總統卡里莫夫的暗殺，六枚炸彈分別在卡里莫夫總統車隊行進路線上爆炸，卡里莫夫總統幸免于難。1999年夏和2000年春，幾股武裝向吉爾吉斯斯坦和烏茲別克斯坦發起了攻擊，對中亞國家造成了極大沖擊。2004年3月，在烏茲別克斯坦的塔什干和布哈拉發生了恐怖爆炸，而較小規模的恐怖事件在中亞更是時有發生。
但綜合而言，自蘇聯解體之后，中亞五國的恐怖主義發生頻率整體上偏低。相關研究顯示，中亞五國在轉軌之后至2012年，每國年均恐襲次數基本都在10次以下，頻率和烈度看起來并不是很高。并且，中亞五國一直在和世界主要大國合作以打擊本土和外來恐怖主義。近年來，中亞五國的恐怖主義威脅烈度似乎一直不高，伊斯蘭圣戰旅（Jihad）更是數年都未在中亞五國發動攻勢。因此，中亞五國的恐怖主義威脅似乎在逐漸退潮。近期，英國智庫“戰爭與和平報道研究所”（Institute for War and Peace Report,IWPR）和清華大學戰略與安全研究中心發布的《2024中國外部風險展望》中都未提及中亞五國的恐怖主義風險。
但是，綜合歷史與現實因素，安邦智庫（ANBOUND）研究人員認為，恐怖主義依然是中亞五國的重要威脅，且有著較強的蔓延-擴散性，會對包括中國新疆在內的地區穩定產生持續性的威脅。
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